Я запускаю один и тот же R файл (file.R) в 12 папках одновременно (m1, m2,... m12) с помощью суперкомпьютера. Файл имеет точно такое же имя и содержимое, разница лишь в том, что он содержится в разных папках. Ни в одной из папок нет файла .RData. Все файлы вызывают один и тот же файл .RData в другой папке. Аналогично для R packages.
Файл работает гладко во всех папках, но в папке m2, где вывод файла .Rout:
Error in load(name, envir = .GlobalEnv) :
ReadItem: unknown type 0, perhaps written by later version of R
Calls: sys.load.image -> load
Execution halted
Файл начинается с:
##############################################################################
## ##
## - - - - - - ##
## ##
## S I M U L A T I O N S ##
##############################################################################
require(tidyverse)
require(dplyr)
require(scales)
require(pracma)
require(foreach)
require(doSNOW)
а файл .Rout даже не печатает комментарии и пакеты. Он немедленно выходит с этим сообщением об ошибке. Я не понимаю, почему папка m2 такая исключительная. Любая идея об этой ошибке?
PS: извините, я знаю, что не привожу вам воспроизводимый пример, но я просто не могу его воспроизвести. Запуск bsub -n 2 -q long_int -Ip -W 48:00 -R "rusage[mem=20000]" -M 20000 -hl R CMD BATCH simulation_doParallel2.R работает нормально.
.RData(да, это полное имя) внутриm2? Помогает ли добавление--vanillaк опциям R? Будет ли работать, если вы переименуетеm2во что-то другое? Будет ли это работать, если вы сделаете символическую ссылку (или даже скопируете, но я понимаю, что это противоречит цели) ваш.RDataв каждую папку? - person Zé Loff   schedule 30.07.2019m2. Скрипт вызывает данные из другой папки. Вариант--vanillaне пробовал. Да, это работает с другим именем. - person Andrew   schedule 30.07.2019sys.load.image, который запускается до запуска чего-либо еще, и это предполагает, что внутриm2есть что-то, что автоматически загружается во время последовательность запуска... Наиболее вероятным виновником может быть файл.RData(обычно скрытый). - person Zé Loff   schedule 30.07.2019ls -a(при условии, что ваш текущий рабочий каталог терминала былm2) - person duckmayr   schedule 31.07.2019.RData. Спасибо @Andrew. Я должен дать вам правильный ответ. - person Andrew   schedule 02.08.2019